Thunderbolt 2 までは、端子形状が Mini DisplayPort と同じでしたが、Thunderbolt 3 では端子形状が USB の Type-C と同じになりました。
そのため、Thunderbolt 3 端子に Type-C 対応の USB ケーブルを差し込めます。
しかし、Thunderbolt 3 を利用してデータ転送する場合は、Thunderbolt 3 ケーブルが必要であり、USB ケーブルは使えません。
USB ケーブルは、Thunderbolt 3 を利用するデータ転送ができないからです。
例えば、Thunderbolt 3 端子が搭載されているパソコンがあり、その Thunderbolt 3 端子は Thunderbolt 3 を利用するデータ転送と、USB を利用するデータ転送に対応しているとします。
Thunderbolt 3 端子が搭載されている外付けストレージがあり、その外付けストレージは Thunderbolt 3 を利用するデータ転送に対応しており、USB を利用するデータ転送には対応していないとします。
これらパソコンと外付けストレージを接続して使う場合、Thunderbolt 3 ケーブルは使えますが、USB ケーブルは使えません。
USB 端子（端子形状は Type-C）が搭載されている外付けストレージがあり、この外付けストレージは Thunderbolt 3 を利用するデータ転送に対応しておらず、USB を利用するデータ転送に対応しているとします。
この外付けストレージと先のパソコンを接続して使う場合、USB ケーブルは使えます。
また、導体が金属の Thunderbolt 3 ケーブルであれば、こちらも使えます。導体が金属の Thunderbolt 3 ケーブルは、USB を利用するデータ転送ができるからです。
導体が光ファイバーの Thunderbolt 3 ケーブルは、USB を利用するデータ転送ができないので使えません。
ただし、従来の Thunderbolt 3 ケーブルには当てはまらない特徴を持つ新しい Thunderbolt 3 ケーブルが出てくる可能性がありますので、USB ケーブルの代わりとして使えない導体が金属の Thunderbolt 3 ケーブルや、USB ケーブルの代わりとして使える導体が光ファイバーの Thunderbolt 3 ケーブルが出てくるかもしれません。（2017年7月10日時点）
Thunderbolt 3にUSB(Type-C)ケーブルは使えるのか
Thunderbolt 3を利用するデータ転送を行うなら USB ケーブルは使えない
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2019/03/20 更新
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